Ada hubungan yang sangat erat antara filsafat dengan ilmu. Namun demikian, di antara keduanya, ilmu dan filsafat, juga terdapat perbedaan-perbedaan yang memisahkan keduanya sebagai disiplin yang berbeda.
Perbedaan antara ilmu dan filsafat tersebut dapat ditinjau dari segi :
1. Segi Objek.
Ilmu mengkaji hal-hal yang dapat diindera untuk meletakkan teori-teori umum yang menafsirkannya. Misalnya, ilmu fisika, maka objeknya didasarkan pada jumlah (kuantitas) dan skala, seperti skala kecepatan materi atau panjang sinar dan gelombang.
Sedangkan filsafat dalam mengkaji being dan pengetahuan sangat mencurahkan perhatian pada hal-hal yang bersifat rasional. Objek filsafat tidak menerima skala ataupun ukuran kuantitas. Bahkan, sebagian pembahasan filsafat ada yang secara khusus mengkaji persoalan nilai (value) yang melampaui realitas dan berusaha untuk meletakkan ide-ide yang mengekspresikan apa yang seharusnya. Meskipun ada perbedaan objek, namun begitu penggunaan temuan-temuan ilmiah modern menjadi dasar pemikiran filsafat modern.
2. Segi Metode.
Ilmu menciptakan metode sensitivistik empiris dengan tujuan untuk menemukan sebab-sebab langsung dari fenomena-fenomena alam yang dikajinya, seperti menafsirkan didih air pada tingkat panas tertentu, atau menyibak rahasia penyekit tertentu dengan menyelidiki kuman-kuman yang menjadi penyebabnya. Usaha ilmu untuk menafsirkan fenomena-fenomena alam dengan berbagai sebabnya secara langsung, atau menyingkap hubungan-hubungan yang stabil di antara fenomena-fenomena tersebut didasarkan pada keyakinan akan adanya suatu sistem yang stabil dan berkelanjutan pada fenomena-fenomena alam. Jika tidak, maka tidak mungkin bisa diprediksi terjadinya suatu fenomena pada saat terjadinya fenomena lain yang berbeda.
Sedangkan metode filsafat adalah metode rasional deduktif. Filsafat tidak berhenti pada deskripsi atas apa yang dilihatnya. Namun lebih dari itu, ia berusaha untuk memahami dan merasionalisasikannya. Filsafat juga tidak mencari sebab-sebab yang dekat dan langsung, seperti yang dilakukan oleh seorang ilmuwan, namun lebih dari itu ia berusaha untuk mencari sebab pertama dan tujuan yang jauh. Misalnya, mencari sebab dari alam kosmik secara global atau menafsirkan rahasia kehidupan secara utuh. Seorang filsuf, dalam mengkaji nilai sangat memperhatikan bagaimana cara untuk sampai kepada nilai yang tertinggi yang mutlak.
Masing-masing metode ilmu dan filsafat merupakan suatu metode kritis, artinya, ia menghindari pandangan-pandangan masa lalu, kecenderungan-kecenderungan subyektif dan penilaian-penilaian yang tergesa-gesa, dengan tujuan untuk bisa sampai pada kesimpulan-kesimpulan yang tepat dan mantab. Hal inilah yang dimaksudkan oleh Francois Bacon, seorang tokoh metode ilmiah, ketika ia menyebutkan sisi negatif dari metodenya yang berusaha untuk memverifikasi rasio (akal) dari kesalahan-kesalahan dan keragu-raguan. Hal ini juga yang dimaksudkan oleh Rene Descartes, Bapak Filsafat Eropa Modern, saat ia menyebutkan kaidah pertama metodenya. Di situ ia mengingatkan untuk menghindari ketergesa-gesaan dan tidak mengekor pada penilaian-penilaian masa lalu.